天然石英不纯的因素主要包括晶格杂质、流体包裹体、矿物包裹体、晶间杂质和微米包裹体等。
 
石英中的矿物包裹体和熔融包裹体由于粒度极细，且被石英严密包裹，很难在不破坏石英晶体的条件下通过选冶方法除掉。

 
流体包裹体对高纯石英的影响首先表现在流体包裹体中富含金属离子，是影响石英纯度的主要影响因素之一；其次流体包裹体在石英熔融过程中不会完全爆裂，其加热产生的气体在高粘度的石英熔体中很难排出，是石英玻璃制品产生气泡缺陷的主要因素之一。
 
研究显示，石英中流体包裹体含量与石英制品中气泡缺陷呈正比关系。因此，石英中矿物包裹体、流体包裹体的含量是影响石英制品质量的主要因素之一。因此，要想判断一个石英原矿能否生产高纯石英砂，有必要通过工艺矿物学研究规定，判断矿物包裹体、流体包裹体的含量等方面信息，初步判断潜力样品可行性。
 
高纯石英提纯工艺主要分为初步矿物分选和化学深度提纯，色选、磁选、浮选等初步物理分选可去除几乎所有以单体形式存在的矿物杂质，但物理分选并不能去除石英中的流体包裹体和晶格杂质，因此，制备高纯石英必须进行化学深度提纯。
 
化学深度提纯中最核心的工艺是酸碱浸出，酸碱浸出以氢氟酸为主浸剂酸的混合酸浸应用最为广泛。同时，由于杂质元素和流体包裹体的存在，高纯石英的提纯需利用界面硅氧键和金属氧键的热学性质差异，在晶型转化点经高温煅烧-急速水淬使包裹体爆裂、晶体产生裂纹，提高杂质去除率。